基于多属性决策的关键蛋白质识别算法研究

关键蛋白质往往通过蛋白质复合物的形式在生物生命活动中扮演着重要作用,在蛋白质互作用(PPI,Protein-Protein Interaction)网络中关键蛋白质对应互作用网络中的重要节点,基于此,提出了一种融合蛋白质拓扑结构属性信息和蛋白质复合物信息的基于多属性决策的关键蛋白质识别算法CBT Topsis (Topsis based method for Essential Protein Identification on Complex Biological and Topological properties).该算法采用多属性决策方法TOPSIS将节点局部重要性(LN)、聚集系数(CC)、点介数(BC)和蛋白质复合物内度中心(IDC)进行融合,根据节点重要性对PPI网络中的蛋白质进行排序.在酿酒酵母蛋白质互作用网络中进行关键蛋白质识别的结果表明,CBT-TOPSIS算法在F度量、准确率、特异性、敏感度等方面表现了良好的性能.
将来源于嗜热细菌Thermus thermophilus HB8的木糖异构酶(Ⅺ)基因xylA与SPR1信号肽序列(ss)融合后连接到pRS424-TEFpr表达载体上,将重组质粒pRS424-TEFpr-ss-xylA转化酿酒酵母AN120野生型菌株、osw2△缺陷型菌株以及dit1△缺陷型菌株并进行产孢.通过荧光定位、蛋白免疫印迹分析以及酶活测定,表明酿酒酵母孢子“微胶囊”固定化酶系统构建成功.由于该固定化酶的最佳反应温度为85℃,避免了酿酒酵母孢子在D-葡萄糖为底物条件下萌发的弊端.同时,根据蛋白免疫印迹分析和重复利用性结果,表明二酪氨酸层的存在对于酶的包埋,对高温的耐受性都表现出了较好的特性.此外对野生型和osw2△孢子固定的Ⅺ的酶学性质进行了研究,相对于游离酶,孢子固定化酶更加稳定.在pH为6的酸性条件或pH为9的碱性条件下,固定化酶相对酶活能达到60％以上,同时在温度95℃时,固定化的酶相对酶活也能达到60％以上.与野生型孢子相比,osw2△孢子展现出了潜在的优势,既可以有效阻止酶的释放,又提高了底物分子的通透性.
本实用新型公开了一种名牌白酒防伪系统，包括IP网络，以及与所述IP网络连接信息服务系统、计算机服务器二、销售服务系统和数据库服务器；所述信息服务系统包括RFID电子标签、计算机和与所述IP网络相接的计算机服务器一，所述计算机的输入端接有RFID阅读器和摄像头一，所述计算机上接有路由器一，所述路由器一上接有无线AP一，所述计算机服务器一上接有路由器二，所述路由器二上接有无线AP二，所述无线AP一与所述无线AP二相接。本实用新型结构简单、实用性强，实现了对生产厂家所生产的白酒的实施追踪，使顾客能够对白酒的出厂信息、运送过程等信息进行了解，从根本上解决了顾客买到假酒的问题，具有广泛的应用前景。
[目的]通过嫁接木本指示植物进行柑橘类病毒鉴定需要合适的季节和较长的显症时间,并且柑橘木本指示植物的遗传转化和基因功能验证体系尚不成熟,研究其与寄主间的互作较为困难.因此,寻找合适的草本鉴定和实验寄主对于更好地进行柑橘类病毒的鉴定及研究其与寄主间的互作具有重要意义.论文旨在明确中国报道的5种主要柑橘类病毒,包括柑橘裂皮类病毒(Citrus exocortis virold,CEVd)、柑橘曲叶类病毒(Citrus bent leaf viroid,CBLVd)、啤酒花矮化类病毒(Hop stunt viroid,HSVd)、柑橘矮化类病毒(Citrus dwarfing viroid,CDVd)和柑橘树皮裂纹类病毒(Citrus bark cracking viroi,CBCVd)对番茄(Solanum lycopersicum)的侵染能力,进而明确其可否作为5种类病毒的鉴别寄主或实验寄主.[方法]将5种柑橘类病毒的野生型分子变种(分别为CEVd.188,长370nt;CBLVd.032,长328 nt;HSVd.citl06,长296 nt;CVd-Ⅲ.072,长295 nt;CVd Ⅳ Ca,长285 nt)二聚体cDNA克隆质粒(克隆于pGEM-T载体),采用限制性内切酶NdeⅠ在37℃条件下进行酶切线性化处理,经琼脂糖凝胶电泳分析鉴定酶切成功后,将该含有目标片段的线性化重组质粒采用T7 RNA多聚酶在37℃条件下进行体外转录,获得类病毒RNA二聚体溶解于1％K2HPO4接种缓冲液中,机械摩擦接种Alisa Craig和Rutgers番茄(S.lycopersicum var.Alisa Craig和var.Rutgers)叶片,置于24℃温室条件下培养.接种60d后,采集新生叶片采用CTAB法提取番茄叶片总RNA,通过RT-PCR对接种的类病毒进行检测.将PCR产物经琼脂糖凝胶电泳分析后,切胶回收目标片段,与pMD18-T载体连接,热击转化大肠杆菌DH5α感受态细胞.经PCR鉴定后挑取阳性克隆进行序列测定,采用DNAMAN version 6.0软件对获得的cDNA序列进行相似性分析.[结果]线性化质粒体外转录后经琼脂糖凝胶电泳分析显示,每个质粒转录产物均可检测到目标大小的RNA条带.接种后,RT-PCR检测显示5种类病毒侵染率表现出显著差异,CEVd、CDVd和HSVd可以侵染大部分接种植株(侵染率分别为7/8、5/8和7/8).从接种成功的植株样品中对所接种类病毒后代的cDNA克隆和序列测定显示,随机测定的5-10个克隆中均能找到与接种类病毒cDNA-致的核苷酸序列,后代序列与接种序列间的相似性在99.7％以上;后代分子变异分析显示变异位点小于1 0个,变异率小于0.3％;而CBLVd和CBCVd不能侵染或侵染率很低(0或1/8).[结论]CEVd、CDVd和HSVd能够侵染Rutgers和Alisa Craig番茄,2种番茄均可以作为3种类病毒的草本鉴定和实验寄主;而CBLVd和CBCVd难于侵染Rutgers和Alisa Craig番茄.在接种的Alisa Craig番茄品种上,各类病毒接种植株均比接种缓冲液对照表现显著的矮化效果;在Rutgers植株上,仅有接种了CEVd的植株表现较对照的矮化效果.
采用管碟法及体外抗氧化活性测试方法,以抑菌圈大小及对DPPH的半清除率浓度(IC50)为指标,评价林檎叶水提物及其不同极性组分(包括乙酸乙醑、正丁醇萃取物、及乙醇沉淀物和剩余组分)的抑菌及清除DP-PH自由基的能力.结果显示林檎叶乙酸乙酯组分对大肠杆菌、枯草杆菌、金黄色葡萄球菌、黑曲霉、毛霉、红酵母及啤酒酵母均有抑制作用；且对DPPH自由基的清除能力最强,且清除率和质量浓度之间存在剂量依赖的关系,IC50值为0.33 mg/mL.有望成为新型的天然防腐保鲜剂的原料.
本发明提供一种白酒相似度三联机分析方法，将白酒样品分别进行高分辨率气相色谱分析、气相色谱/质谱分析、全二维气相色谱/质谱分析；利用气相色谱/质谱分析对白酒组分峰定性，利用高分辨率气相色谱法对白酒组分峰积分结果进行定量分析，再用定量分析结果进行相似度计算，进行不同批次白酒或真假白酒相似度比较判别。本发明所述的白酒相似度三连机分析方法，采用高分辨毛细柱气相色谱分离分析白酒组成，比国标方法分离组分有成倍增长，有更为详细的组成信息。可靠性大大优于传统气相色谱用混合标样定性，能鉴别不同种类白酒独特的成分，用相似度计算方法鉴别真假白酒，结合全二维气相色谱/质谱分析方法，提供了更详细的组分分析。